El objetivo general del programa es formar profesionales de la disciplina histórica que generen nuevos conocimientos sobre la historia nacional e internacional a partir de investigaciones de alta calidad académica y que sean capaces de transmitir y aplicar dichos conocimientos mediante la difusión de los resultados de sus investigaciones y a través de la enseñanza de la historia y la formación de nuevos cuadros académicos.
De manera particular, el programa tiene el objetivo de fomentar en los estudiantes el espíritu inquisitivo y crítico que distingue al investigador y el de proporcionarles una variada gama de teorías, métodos y técnicas que les permitan realizar investigaciones originales y novedosas, tanto por el tema estudiado y las fuentes de información utilizadas como por las herramientas analíticas y los enfoques de interpretación aplicados, desarrollando al mismo tiempo su capacidad para dialogar con otras disciplinas científicas y sociales.