El Colegio inició con dos centros: Estudios Antropológicos y Estudios Históricos. A los cuatro años ya contaba con otros dos: Estudios Rurales y Estudio de las Tradiciones. En 2001 el Colegio se extiende a la cercana población de La Piedad, donde se estableció el Centro de Estudios Arqueológicos y ahí mismo en 2002 se crea el Centro de Estudios de Geografía Humana. Instalado en La Piedad a partir de 2009, el Laboratorio de Análisis y Diagnóstico del Patrimonio (LADIPA) es una instancia dedicada al estudio, análisis, diagnóstico y seguimiento científico y tecnológico del patrimonio natural y cultural material.

La vocación a estudios regionales, que rebasan límites estatales, viene desde los inicios de la institución. Los temas de investigación, la planta de profesores-investigadores y el alumnado son de diversas partes de la República mexicana y del extranjero.

Ocho presidentes han dirigido el Colegio: Luis González y González, Andrés Lira González, Brigitte Boehm Schoendube, Carlos Herrejón Peredo, Rafael Diego-Fernández Sotelo, Martín Sánchez Rodríguez, José Antonio Serrano Ortega y actualmente el Dr. Luis Alberto Arrioja Díaz Viruel.